Počátkem hitlerovské okupace se Jan Štursa zapojil do činnosti ilegální vojenské odbojové organizace Obrana národa a touto organizací byl 26. 1. 1940 vyslán do zahraničí za účelem vstupu do čs. vojenské jednotky formující se ve Francii. Po nelehké cestě se mu to podařilo a 6. 5. 1940 byl prezentován v rámci čs. vojenského útvaru ve francouzském Agde. S radiotelegrafním družstvem se zúčastnil bojů na francouzsko-německé frontě v pěším pluku 1. Po porážce Francie byl 7. 7. 1940 evakuován do Velké Británie, kde prodělal několik kurzů a školení a propracoval se až na funkci radiotelegrafisty u II. odboru exilového čs. Ministerstva národní obrany ve Vojenské rádiové ústředně. Po absolvování parašutistického kurzu v Ringway byl zařazen do čs. paradesantní skupiny Chromium, která však nebyla na našem území vysazena, přestože dvakrát startovala k provedení operace; pokaždé se ale musela vrátit kvůli nepříznivému počasí a technickým problémům během letu. Po skončení války sloužil do konce roku 1945 v čs. armádě na Ministerstvu národní obrany. Na vlastní žádost pak odešel k 3. 1. 1946 do civilu a založil firmu orientující se na export a import telegrafní techniky. V říjnu 1948 byl vyšetřován komunistickými bezpečnostními orgány z důvodu údajné protistátní činnosti. Následně byl zatčen a dne 17. 6. 1950 odsouzen Státním soudem v Praze k osmi letům těžkého žaláře, degradaci na vojína a ke ztrátě všech vyznamenání. Trest si odpykával nejprve v Plzni na Borech, později na Jáchymovsku a Příbramsku při těžbě uranové rudy. Po šesti a půl letech se dočkal propuštění. Jan Štursa pak pracoval jako dělník. V roce 1990 se dožil rehabilitace, spoluzakládal Sdružení čs. zahraničních vojáků a roku 1995 se stal předsedou Československé obce legionářské. Tehdy byl povýšen do hodnosti plukovníka ve výslužbě. Jan Štursa byl dekorován Čs. pamětní medailí se štítkem F – VB, Čs. medailí Za zásluhy II. stupně, Čs. válečným křížem 1939 a dalšími vyznamenáními.
At the beginning of the Nazi occupation after 15.03.1939 Jan Štursa joined in the activities of the illegal military resistance organisation Defence of the Nation and at the onset of 1940 was sent abroad by this body and took part in fighting on the French-German front as part of the Czechoslovak Infantry Battalion 1. After France was defeated, on 07.07.1940, he was evacuated to Britain where he served as a radio operator in the II Branch of the exiled Ministry of Defence in the Central Military Radio Operating Dept. Having completed parachutist training at Ringway he became part of the Czechoslovak parachute unit Chromium sent out to fulfil special tasks in the struggle against the Nazi occupiers. When the war ended he served in the Czechoslovak Army until the end of 1945 at the Ministry of Defence. He then left the army at his own request. Nonetheless, he was investigated after February 1948 by the security organs on suspicion of anti-state activity. Subsequently he was arrested and on 17.06.1950 sentenced by the State Court in Prague to 8 years hard labour, was demoted to a private and forfeited all military awards. Part of his time in jail he spent in the Příbram area as a miner extracting uranium ore.